商标侵权行为引起的纠纷，当事人可以选择以下的方式进行处理：

第一、由当事人协商解决。

由当事人协商解决因商标侵权行为引起的纠纷，可以为愿意通过自行协商解决方式的当事人提供了一种途径。注册商标专用权属于民事权利范畴，当事人有权处分自己的权利，允许当事人协商解决，也是对当事人依法享有的民事处分权的一种尊重。当事人之间通过协商方式解决纠纷，方便、简易，有利于迅速解决问题，减少社会矛盾，节省行政资源和司法资源。

第二、向人民法院起诉。

当事人之间因侵犯注册商标专用权行为引起纠纷后，不愿意通过协商方式解决纠纷的，或者协商不成即经过协商以后没有达成协议的，可以向人民法院起诉，通过诉讼方式解决纠纷。根据本条的规定，在此种情形下，有权提起诉讼，即可以向人民法院起诉的主体，为“商标注册人或者利害关系人”。换言之，在商标侵权纠纷中，提起诉讼的一方当事人即原告，应当是权利受到损害的一方当事人，如商标注册人、商标使用合同中的被许可人等。而实施侵权行为的一方当事人，则不能向人民法院起诉。

第三、请求工商行政管理部门处理。

因商标侵权行为引起纠纷后，当事人之间不愿协商或者协商不成，除了向人民法院起诉以外，还可以请求工商行政管理部门处理。请求工商行政管理部门处理，也就是请求工商行政管理部门依法履行监督管理职责，通过行政执法查处商标侵权行为，打击商标侵权行为，维护自身合法权益。与可以向人民法院起诉的主体一样，根据本条的规定，在此种情形下，有权请求工商行政管理部门处理的主体，为“商标注册人或者利害关系人”.